Txetxu Rojo sería el encargado de dirigir al equipo en la nueva temporada 2000/01, con una plantilla de transición que mezclaba la juventud de las jóvenes promesas como Asier del Horno, Fran Yeste, Pablo Orbaiz o Dani Aranzubia con la veteranía de los Josu Urrutia, Bittor Alkiza, camisetas de futbol Aitor Larrazabal o Rafael Alkorta. También se consolidaron otros jugadores provenientes de fuera como Orbaiz y Tiko. Esta temporada también supuso el principio del fin para Julen Guerrero; San Mamés veía como su preciada perla, el gran ídolo de los 90, cada vez era más habitual en los banquillos. Además de las incorporaciones a la plantilla del portero Imanol Etxeberria, el delantero Ismael Urzaiz o la joven estrella guipuzcoana Joseba Etxeberria, que llegaba con solo 17 años al Athletic proveniente de la Real Sociedad. El Athletic había desembolsado una gran suma de dinero por reforzar la plantilla de cara a la nueva temporada 1997/98. Se gastó 2.000 millones de las antiguas pesetas (12 millones de €) en el fichaje del defensa Roberto Ríos, siendo el fichaje español más elevado de la época. Justo antes, Clemente había criticado el fichaje del prometedor centrocampista Javi Martínez, por quien el club pagó seis millones de euros a Osasuna, al decir públicamente que no le conocía y que no había pedido su fichaje.

Durante el verano de 2004, se convocaron elecciones anticipadas, en las que Fernando Lamikiz fue elegido como nuevo presidente del club. Sea como fuere, el Athletic lo pasó difícil para salvar la categoría, en una temporada en la que solo separaban 4 puntos entre el 12.º (el Athletic) y el 20.º (el C. D. Numancia). Durante ese tiempo Heynckes renovó el equipo dando más protagonismo a los canteranos, entre los que se encontraban Aranzubía, Del Horno, Luis Prieto, Murillo, Aitor Ocio, Gurpegui y Yeste. En ese sentido, organizó campañas de recuperación de jóvenes jugadores que fortalecieran la cantera alcorconera. Durante la exhibición los jugadores usaban micrófonos durante el juego y competían en dobles, dobles mixtos. Donde también se dio a conocer la portada del juego en donde Cristiano Ronaldo usa la camiseta del club español. La 1994/1995 y 1995/1996 fueron dos temporadas nefastas para el Athletic, en las que la única estrella que brillaba era la de Julen Guerrero, quien con su juego y sus goles hacía entusiasmar a la afición de San Mamés. Desde el barrio Altamira, pero recoplilando el sentimiento de la afición de todo Manta, la barra Oleaje Norte siempre está presente en la General para alentar el equipo Atunero.

Después de los dos últimos años, para la nueva campaña de 1996/97 el Athletic quiere dar un cambio radical a la marcha del equipo y para ello se hace con los servicios del entrenador Luis Fernández. El azar quiso que este último partido de Liga se jugase en San Mamés, Joseba Etxeberria inauguró el marcador en el minuto 40′ de la primera parte y el equipo rojiblanco aguantó el resultado hasta el final del partido. La temporada 1999/00 no supuso más que la clara demostración de que el mismo equipo que dos años antes se proclamó subcampeón de Liga se iba diluyendo más y más en la indiferencia, moviéndose sin pena ni gloria por la zona templada de la tabla. Ya iniciada la temporada, al Athletic le tocó medirse en treintaidosavos de la UEFA contra la Unione Calcio Sampdoria, equipo italiano que venía plagado de fichajes estrella y se perfilaba como uno de los más fuertes de Europa.

Tras descansar 1 semana y después de recuperarse de una pequeña gripe, llegó el primer Grand Slam de la temporada, camiseta futbol baratas el Abierto de Australia donde buscaría convertirse en el primer jugador en la historia en ganar los 4 Grand Slam de forma consecutiva en 3 superficies diferentes. Al concluir la temporada, Luis Fernández es finalmente destituido; su ciclo en el Athletic estaba más que terminado. Estos jugadores sumado a otros que ya estaban como Josu Urrutia, Aitor Larrazabal, Bittor Alkiza, Rafael Alkorta, José Ángel Ziganda o el propio Julen Guerrero, hicieron posible el regreso a la Liga Europa de la UEFA. Era algo nuevo ver a los marcadores de punta como delanteros, al nueve bajando a marcar o a los volantes apareciendo al lado del arquero o llegando en contragolpe. Torneo Apertura 2006 vuelve al equipo el histórico Víctor Danilo Pacheco, quien se retiraría a final del año. La más destacada en el Torneo Apertura, cuando Millonarios eliminó a Santa Fe de los 8 clasificados en la última fecha de la fase regular con un marcador de 1-3. Los goles fueron convertidos por Román Torres, Fernando Uribe y Rafael Robayo. Antes de eso, el presidente Fernando Lamikiz había dimitido tras la fuerte pitada que recibió al término de un partido de Liga.

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