Subiendo por la vía administrativa en la temporada 2019-20, tras dar por concluidas las competiciones sin finalizar por motivo de la pandemia de COVID-19, nueva camiseta del barcelona la Real Federación de Fútbol del Principado de Asturias aprobaba en Asamblea el ascenso directo. Dicha competición esta organizada por la Real Federación Aragonesa de Fútbol. En octavos de final, Santa Fe quedó eliminado a manos de las Chivas de Guadalajara, luego de que en la ida perdieran 3-0 y en el partido de vuelta en Bogotá se impusieran por 3-1, quedando eliminados con un marcador global de 4-3. Un factor determinante en dicha derrota fue el lamentable deterioro de la gramilla del Estadio Nemesio Camacho El Campín. Torneo Apertura 2002) como segundo en la tabla general del Torneo Apertura, cuando Santa Fe disputó el cupo a la final frente a Envigado F.C., Atlético Huila y Once Caldas en el cuadrangular B. Después de vencer como local al Huila y como visitante al Caldas, Santa Fe se jugó la clasificación a la final en Bogotá enfrentando a Envigado, en un choque que perdió 2:0. En su visita al equipo antioqueño logró reponerse y con gol de Luis Yanes lo venció 1-0 en los últimos minutos del partido.

Fue justamente en el primer campeonato disputado bajo esta modalidad, más precisamente en el Apertura 2002 donde Santa Fe ocupa el segundo lugar detrás del Deportivo Cali en la serie de todos contra todos. Santa Fe ocupa el segundo lugar en la fase regular con 74 puntos, 12 menos que el líder y posterior campeón América de Cali, finalmente en el cuadrangular final el equipo sería último, camiseta futbol con un total de 7 unidades. Obtuvo al final de esta fase su clasificación a semifinales como primero de su grupo con 13 puntos, uno más que el Caracas, que fue el segundo mejor clasificado del torneo, lo que le permitió enfrentarse de nuevo al “Expreso Rojo” en la penúltima fase de la copa. En el grupo 2 Santa Fe fue primero por encima de Estudiantes de La Plata, Sporting Cristal y Bolívar. El cambio se evidenció en que equipos no acostumbrados al éxito desde el inicio del profesionalismo pudieron salir campeones: Estudiantes de La Plata en 1967, Vélez Sarsfield en 1968, Chacarita Juniors en 1969 y Huracán en 1973, a diferencia del período anterior en que sólo habían logrado consagrarse cinco equipos: Boca Juniors, Independiente, Racing Club, River Plate y San Lorenzo.

Durante este período, las consagraciones de Nacional y Peñarol se hicieron más distanciadas, alternándose con otros equipos que comenzaron a ser revelación en el fútbol uruguayo. Santa Fe comenzó su única participación en este torneo en el grupo C junto al Caracas de Venezuela, el Emelec de Ecuador y el Sporting Cristal del Perú. Allí los dos equipos igualaron 1-1 tanto en Caracas como en Bogotá, lo que llevó a una disputa desde el punto penal con el fin de saber quién sería el que se enfrentaría al América de Cali en la final. Pasaron 4 años y el club no consiguió clasificarse entre los mejores hasta el año de 1987, cuando logró el tercer lugar, por detrás de Millonarios y América, y el cuarto lugar en el año de 1988, por detrás de Nacional, Millonarios y América. En el Finalización estuvo dentro de los ocho primeros hasta la última fecha, cuando cayó de visitante ante el Once Caldas por 0-2, por lo que quedó noveno con 32 puntos, los mismos que Atlético Nacional, pero con menor diferencia de gol, quedando afuera de los cuadrangulares de ese torneo.

En la temporada 1995/1996, la Dimayor decidió realizar un cuadrangular con los equipos que habían quedado entre el noveno y duodécimo puestos, para definir el clasificado por Colombia a la Copa Conmebol 1996, segundo torneo internacional más importante de Sudamérica en ese entonces. Liga Regional, junto al segundo equipo. El exjugador de los Pumas Eliseo Branca «El Chapa Branca» ha pedido la expulsión permanente y la suspensión de por vida del capitán Matera del equipo. El Balón de Oro de la ANFP 2010 fue la 3º edición del Balón de Oro de la ANFP, creado por la ANFP, qué es el ente encargado de la organización de los campeonatos de fútbol profesional en Chile. 14 en ambos campeonatos. Sin Zidane en la nómina, Francia se coronó campeona de la Copa FIFA Confederaciones 2003, en condición de local, tras derrotar a Colombia por 1:0 con gol de penal de Henry y luego superar 2:1 a los Japoneses y terminar goleando 5:0 a Nueva Zelanda, en semifinales se sobrepuso por 3:2 ante Turquía y finalmente derrotaron en la final a Camerún 1:0 con gol de oro de Thierry Henry.