En 1995 tiene lugar la segunda refundación del club, equipacion barça los socios dan paso a los accionistas al crearse la Sociedad Anónima Deportiva Elche Club de Fútbol. Fue en un partido contra el Pontevedra CF el 19 de diciembre de 1965. Además de los triunfos del primer equipo cabe destacar el del filial del club, el Deportivo Ilicitano el cual en la temporada 67/68 asciende a Segunda división. En un partido catalogado por muchos como una final adelantada, el equipo cayó en la tanda de penales después de empatar 1-1 tras el tiempo reglamentario. En 2000, Colombia llegaba a la final de la Copa de Oro luego de superar a Jamaica y a Honduras en la fase de grupos, a Estados Unidos en cuartos de final y a Perú en semifinales. En la siguiente (1942-43) hace el «doblete» y consigue ser campeón de Vizcaya amateur y campeón de la Copa Vizcaya. En la temporada 68-69 logra su mayor éxito al alcanzar la final de la Copa del Generalísimo proclamándose subcampeón. El 15 de junio de 1969, en el Santiago Bernabéu, el club disputa la final contra el Athletic Club, en el que jugaban, entre otros, Iríbar, Txetxu Rojo, Javier Clemente, Iñaki Sáez, etc.

Como nota curiosa destaca un hecho ocurrido en la temporada 69-70 en la que el árbitro Emilio Guruceta fue detenido al acabar el encuentro contra el Athletic Club, por orden del alcalde de Elche «por alteración del orden público». En el año 1953 y ante el riesgo de que desapareciera el club, motivado por una serie de problemas, surge la mítica fórmula de la Cooperativa, una autogestión democrática, en la que los jugadores administraban los ingresos por taquilla, restaban los gastos y el dinero restante lo repartían, proporcionalmente, a la cotización de cada jugador. Integró una hornada de importantes jugadores andaluces como Sergio Ramos, Jesús Navas, Alejandro Alfaro o Kepa Blanco. Durante la misma Caffarena ayudó al equipo en todo: hizo de técnico, de delegado y de masajista, estableciendo tal grado de relación con los jugadores, que éstos los nombraron «Jugador Número 12». Al volver a la Argentina, Caffarena era tan conocido como los mismos jugadores. Entrenados por el paraguayo Heriberto Herrera, que posteriormente ficharía por la Juventus italiana, el equipo finaliza en quinta posición, la mejor clasificación de la historia de la entidad ilicitana. En la temporada 63-64 y por primera vez en su historia, el club ilicitano lidera la clasificación de primera.

En 3 de las últimas 4 temporadas el club repite la 10 posición, consolidándose en mitad de la clasificación. El Real Unión ocupaba la novena posición del grupo segundo de Primera Regional tras veintidós jornadas disputadas cuando la pandemia de coronavirus obligó a suspender la competición en marzo de 2020. En pleno confinamiento nacional puso en marcha una academia de estudios y anunció las bases de un proyecto en pos de crear un potente club profesional que devolviera a la entidad la importancia que tuvo en el pasado. Finalizó segunda del grupo, detrás de Irak, con 12 puntos lo que le valió acceder a la cuarta ronda, en el grupo B, siendo sus adversarios: Japón, Australia, Omán y nuevamente Irak. En este año se encuentra encuadrado en el grupo cuarto de Segunda División donde queda penúltimo, descendiendo a 3ª División. Posteriormente se crearon el tercer y el cuarto equipo. En la temporada 87-88 se consigue el último ascenso del equipo a Primera división, gracias al segundo puesto conseguido en segunda división, en esta temporada se consigue el ascenso, logrando el delantero Sixto el Pichichi de 2ª y Miguel Recio obtiene el Trofeo Zamora al portero menos goleado de la categoría.

Durante los años 80 el Elche se convierte en un equipo ascensor, siempre candidato a subir a 1ª División, pero donde no consigue mantenerse más de un año. A pocos minutos del final, tras un encuentro de gran igualdad, el equipo vasco consigue el 1-0 que le daría el título. A partir ahí su mejor posición fue en 2002, con Julián Rubio en el banquillo, Hasta la temporada 2010/2011 en la que el equipo quedó 4º clasificado por detrás del F.C. No fue hasta la temporada 65-66 cuando por primera vez se retransmite para toda España un encuentro desde el Campo de Altabix. En la temporada 90/91 el Elche C. F. desciende por primera vez a Segunda División B. Se hace cargo del club Anselmo Navarro, único directivo que presenta su candidatura. Nombran como primer presidente a don Mariano Rodríguez Irles, que a su vez preside el equipo Quiles y Rodríguez. Dejaba la selección el entrenador más laureado de su existencia, tras ocho años en los que ganó dos títulos y dirigió al equipo a lo largo de 114 partidos -el que más en la historia del combinado nacional-.

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