Al final, el partido se repuso y los venezolanos fueron derrotados en el Polideportivo Misael Delgado ganando Cienciano 2 a 1, en el partido local Cienciano logra una aplastante victoria a Carabobo Fútbol Club 6 a 1 demostrando así ser uno de los clubes más eficientes del mundo después se enfrentaría con Liga Deportiva Universitaria de Quito con el cual sería eliminado, camiseta del paris saint germain pero después lograría la recopa sudamericana. En la Copa del Rey el Villarreal fue eliminado por el F. C. Barcelona en semifinales, mientras que en la liga el club mantuvo el sexto puesto que da al equipo el pasaporte para jugar la Liga Europea de la UEFA. Desde que el club logró los 2 títulos internacionales, Cienciano lleva en su escudo dos estrellas doradas bordadas en su parte superior; como símbolo de la máxima gesta y hazañas de un club peruano. Escudo que en la actualidad perdura en el equipo y que goza adicionalmente de dos estrellas, por los dos títulos internacionales logrados el 2003 y 2004, respectivamente. Por otro lado, en competiciones internacionales, los oficiales sólo pueden llevar la indumentaria fabricada por el proveedor oficial de la FIFA (Adidas), nueva camiseta psg además de lucir en su manga izquierda el escudo del Fair play y en el pecho el parche o logo de FIFA Referee que lo acredita como árbitro capacitado para dirigir encuentros internacionales.
Gracias a su historia y a sus éxitos internacionales, Cienciano se ha hecho con una gran afición en el Cusco. En el año 2004 quedó en el segundo lugar en el Torneo Apertura, a solo cuatro puntos del campeón Alianza Lima; sin embargo, Cienciano fue el equipo que más puntos sumó en un año en la historia de la primera división del fútbol peruano. La Recopa Sudamericana 2004 se jugó a un solo partido en el Lockhart Stadium de Miami, Estados Unidos, entre el club argentino Boca Juniors -que venía de ser campeón del mundo- y el Cienciano peruano. El club tiene como su eterno rival al Club Deportivo Garcilaso con quien disputa el Clásico Cusqueño, ambos dividen la mayor parte de preferencias entre la población cusqueña. Diseño clásico del uniforme titular. Uniforme titular: Camiseta roja, pantalón blanco, medias rojas. Por ello, y durante muchos años, el color del pantalón ha alternado entre los dos colores de la camiseta: blanco y verde. El 2011 comenzó con una grata sorpresa para sus hinchas, siendo líder del torneo durante las primeras fechas a pesar de contar con un reducido presupuesto y con prácticamente los mismos jugadores del año anterior a excepción de la contratación de jóvenes valores caso de Juan Araujo y el ascenso al primer equipo de Diego Virrueta y Luis Romero.
Durante la campaña 2003-04 el España de Cueto sacó un equipo filial en Primera Regional, el CA España de Cueto B, que se clasificó en el puesto 12º del grupo A; la temporada 2004-05 el filial ya no compitió. El equipo del Nacional lagunero, tuvo la particularidad de que fue reforzado en varias ocasiones por jugadores del Guadalajara; Ángel Bolumar, los hermanos Anastasio y Gerónimo Prieto, y el arquero Juan Rodríguez, fueron algunos hombres que disputaron encuentros con los «inditos», mientras que el Club España de La Laguna fue reforzado en varias ocasiones con jugadores del España. Ese mismo año Cienciano con sus figuras que se mantenían quienes habían sido campeones tanto como la Sudamericana 2003 y la Recopa Sudamericana 2004 como Óscar Ibáñez, Alessandro Morán, Carlos Lugo, Juan Carlos Bazalar, Julio García, Miguel Mostto, Sergio Ibarra, César Ccahuantico, Ramón Rodríguez, Giuliano Portilla entre otros. El 2015 sería un pésimo año para Cienciano, ya que además de haber descendido a la Segunda División, su eterno rival (Melgar) se consagraría campeón nacional en el año de su centenario. Sería campeón de la copa interandina ganando al Once Caldas S.A. quien se había proclamado campeón de la Copa Libertadores 2004, esta copa se disputó entre el campeón de la recopa y el campeón de la Libertadores el partido terminó 2 a 0 con goles de Miguel Mostto y Juan Carlos Bazalar.
En caso de empates se ejecutarán tiros desde el punto penal para determinar al campeón. En caso de producirse una igualdad, se desempatará mediante la cantidad de asistencias (AST). En 2019, iniciaron con un empate a uno con Bélgica y una derrota por la mínima con Estados Unidos. En 2019, Cienciano del Cusco campeonó la Liga 2 logrando ascender a la Primera División tras vencer 4-2 a Santos, quedando primero con 44 puntos en el torneo. Minuto y resultado fue un programa deportivo semanal sobre la jornada de la Liga Española de Fútbol que emitía la cadena de televisión española La Sexta, desde febrero de 2007 los domingos a partir de las 18:30 horas. Junto a Riquelme en estas temporadas se incorporan nombres históricos al club: el argentino Rodolfo Arruabarrena, los españoles José Manuel Reina y Santi Cazorla o el brasileño Marcos Senna (quien luego obtendría nacionalidad española). Plantilla campeona de Cienciano: Óscar Ibáñez, Santiago Acasiete, Martín García, Manuel Arboleda, Edwar Torrealva, Orestes Santander, Miguel Mostto, Juan Carlos Bazalar, Germán Carty, Daniel Gamarra, Sergio Ibarra, Jesús Cisneros, Giuliano Portilla, Juan Carlos La Rosa, Alessandro Morán, Juan Péndola, Miguel Llanos, César Balbín, Rodrigo Saraz, Carlos Lobatón, Elexander Araujo, Corsino Gómez, Carlos García, Néstor Candia, Paolo de La Haza.