Es por eso que inmediatamente se procedió a cambiar el escudo, y durante sus primeros 8 años de existencia, el equipo portó un escudo formado por una elipse verde y negra, con una circunferencia amarilla, y en la que, en la parte superior izquierda, sobresalía la figura de la cabeza de un jaguar mirando al occidente, y en la parte inferior derecha, la figura de un balón de fútbol. El nuevo ahora estaba conformado por un triángulo inverso dividido a la mitad por los colores naranja y negro, y que además contaba en la parte superior con el diseño de la cabeza de un jaguar, dibujado de manera similar a como lo hacían las culturas mesoamericanas. Poco después fue dado a conocer el nuevo escudo del equipo, con la imagen de un jaguar prehispánico y los colores naranja y negro representativos de la institución. Esta determinación se da, por el hecho de que la franquicia de La Piedad (recién ascendido a la Liga MX) fue comprada por el Gobierno de Veracruz y a partir del Apertura 2013 juega en Veracruz dentro de la Liga MX; con estos cambios se daba la posibilidad de resurgir a los Jaguares para que disputaran el torneo Apertura 2013 en la Liga MX.

Tras un Apertura 2003 sin hechos relevantes, llegó el torneo que daría la consolidación de Jaguares en Primera División. En el Apertura 2005, Jaguares logró posicionarse en zona de liguilla, pero por reglamento perdieron 3 puntos por incumplimiento de los 765 minutos de juego que debió cubrir con futbolistas menores de 20 años y 11 meses. Al siguiente torneo, el Apertura 2009, Jaguares mostró la peculiaridad de ser el peor equipo local de la competencia, y el mejor visitante. Para que Monarcas evitara el descenso debía ganar, independientemente de lo que hiciera Chiapas en su encuentro, ya que superaba con un punto al conjunto felino, o perder y que Chiapas perdiera o empatara, y para que Jaguares conservara la categoría necesitaba ganar y que Morelia perdiera o empatara. El equipo de Chiapas, en conjunto con Monarcas Morelia y Veracruz, se disputaban el descenso al Ascenso MX al contar con 114, 115 y 117 puntos respectivamente cada club en 101 partidos, faltaba únicamente el desenlace del torneo para definir al club que perdía la categoría, sin embargo, Veracruz contaba con una diferencia de -38 goles, lo que hacía menos probable su degradación ya que, de ganar Chiapas y Morelia y perder Veracruz, el equipo de Jaguares aún requería una ventaja de 12 goles para evitar caer a la división inferior.

El descenso fue un duro golpe para la franquicia, pues se alejó dos categorías del Máximo Circuito, ya que no pudo incorporarse a la recién creada Primera A, circuito que se integró por invitación a los equipos. Representó un cambio considerable respecto al anterior, pues el nuevo logotipo presentaba un fondo verde dentro de un contorno en tonalidad verde y blanco con un jaguar caricaturizado y al frente, equipacion barça en la parte inferior un balón blanco con gajos verdes lo que confirmaba que esta tonalidad tendría una gran presencia en la nueva etapa del equipo. Al iniciar la nueva década, Jaguares tuvo el peor torneo de su corta historia al sumar tan solo 14 puntos, producto de 4 victorias, 2 empates y 11 derrotas en el Clausura 2011, quedando por primera vez como último lugar de la tabla general. El equipo Jaguar quería llevarse el encuentro a como diera lugar, tanto por la salvación como para un cierre digno del clausura. Plus Ultra, que como en muchas otras secciones, era su representante en sus secciones polideportivas.

Este diseño, más barato que los productos de marcas de arranque existentes, tales como Adidas, resultó ser popular y entró en producción en masa a nivel internacional dos años más tarde. De igual forma que la T-130, apuntaba hacia el taller, pero al ser ubicada a una altura menor, la profundidad hacia este era de 100 metros menos que el «Plan B», por lo que se creó gran expectativa ante la posibilidad de ahorrar tiempo respecto a los 3 o 4 meses inicialmente estimados. Inmediato a este partido, Jaguares consiguió su primera victoria como visitante ante San Luis por 0-1, y su primer triunfo como local ante Santos por 2-0, llegando a colocarse 8º del torneo. Finalmente se determinó que la sede de este encuentro sería el Estadio Azul, casa del club capitalino Cruz Azul. Mientras que en el partido Colibríes vs Cruz Azul, tras finalizar los 90 minutos el marcador dejaba un 0-0, y en el sonido local anunciaron que el partido de Jaguares había finalizado en empate, lo que hizo creer a los asistentes al estadio que Colibríes no había descendido, y provocando que la gente brincará a la cancha a festejar y los jugadores dieran la vuelta olímpica con su afición.

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