Marcó su primer gol ante el Nástic de Tarragona, antes habilitó a Forlán para el 3:0 final. Cerró la liga con dos asistencias más, a Forlán ante Osasuna y a Tomasson frente al Valencia. Debido a la suplencia de Juan Román Riquelme se apuró su salida y Pelegrini le entregó el control del juego a Matías quien comenzó a jugar como volante por izquierda, su debut fue en la derrota del Villarreal ante el Valencia por 1 a 0. Su primer destello de calidad fue ante el Real Madrid por la fecha 21 del campeonato de la liga donde asistió a Marcos para decretar el 1 a 0 final con que se selló el primer triunfo oficial del club amarillo contra los merengues. En su segunda temporada comenzó con un triunfo ante Valencia como visitante por 3:0, Matías fue víctima de un penal y asistió a Santi Cazorla. Trofeo Virgen del Consuelo (1): 2016 (como Getafe Club de Fútbol «B»).

Matías comenzó el año anotando el año en una derrota, en el partido de ida contra las Chivas de Guadalajara (3-1) por el repechaje de la Copa Libertadores 2006; en el de vuelta perdieron 5-3 y quedaron fuera del certamen. En el partido de vuelta ante el Manchester City marcaría un gol de tiro libre que a la larga serviría para sellar el paso a cuartos de final pese a perder por 2 a 3. En el partido por los cuartos de final el Sporting enfrentaba al Metalist de Ucrania, Matías fue bajado al borde del área, donde Insúa sería el que marcaría el 2 a 1 temporal, finalmente en el partido de vuelta el Sporting empataría a 1 gol lo que le valdría el paso a las semifinales. En el partido de vuelta la U. de Chile ganó 1-0 y el ganador se resolvió por penales, donde Colo-Colo ganó 4-2. Matías totalizó 14 goles en 23 partidos jugados, siendo el segundo goleador del Torneo. En el verano de 2006, el club disputa su cuarta final de la Copa Intertoto, cayendo contra el NK Maribor esloveno por un global de 2-3, lo cual le excluyó para jugar competiciones europeas en la temporada 2006-07. En esa misma temporada, las lesiones de gravedad de algunos jugadores y la marcha a mitad de temporada de Juan Román Riquelme desembocaron en una discreta primera vuelta del equipo, pero -entre otros factores- la recuperación de Pirès y los 19 goles de Forlán (quinto máximo goleador de Liga) permitieron cumplir con el objetivo de disputar competición europea sin pasar por la Intertoto.

Las medidas permitidas del terreno son de 90 a 120 metros de largo y de 45 a 90 metros de ancho, pero para partidos internacionales se recomiendan las siguientes medidas: entre 100 y 110 metros de largo, y entre 64 y 75 metros de ancho. En la Europa League de aquel año comenzó a dar buenas señales, primero ante el Heerenveen de Holanda donde Liedson marcaría un gol tras pase de taco de Fernández, aquel partido acabaría 3-2 a favor del club portugués, en la liga en tanto las críticas le llovían a Paulo Bento, entrenador de Sporting que se despidió tras el mal juego del equipo, en los partidos siguientes Matías, marcó en tres fechas seguidas en Portugal, primero en la jornada 8 nuevamente ante el Vitoria SC, camisetas inter de miami luego ante el Marítimo CD y en la jornada 10 ante el Río Avé. Durante la liga ante el Vitoria SC, daría el pase gol para el primero y marcaría el segundo. Su primer partido con el club luso fue un amistoso frente al Atlético de Cacém, marcó el segundo de los tres goles del club, fue uno de los mejores en la derrota de su equipo frente al Feyenoord de Holanda, y luego en su debut oficial en Portugal marcó su primer gol, esta vez frente al Vitoria SC en el empate 2-2, Paulo Bento su entrenador, le daba la confianza de la titularidad, mientras se adaptaba al fútbol portugués.

Tras su segunda temporada profesional fichó por el Atlético de Madrid en donde su reputación fue creciendo hasta fichar en 1982 por el FC Barcelona, siendo en ese momento el fichaje más caro del país por 150 millones de pesetas. La última temporada de Matías en el Villarreal comenzó con problemas para el chileno, relegado a una suplencia interminable que le permitió aparecer solo en contados encuentros, en contraste con su excelente rendimiento en la selección chilena, Matías asistió en la Copa del Rey ante el Poli Ejido y marcó ante el Atlético de Madrid, Athletic de Bilbao y Barcelona. El gran logro del Inter de Milán, para alegría de sus aficionados, es que en 2010 consiguió un histórico quíntuplete, con la liga, la Copa de Italia, la Supercopa de Italia, la Liga de Campeones y el Mundial de Clubes. Los dirigidos de Borghi quedarían primeros en la Tabla General clasificándose para la Copa Sudamericana 2006. Colo-Colo ganó el Torneo Apertura 2006 frente a su archirrival Universidad de Chile, siendo Matías clave en el juego de ida (2-1) en el que convirtió los dos goles de su equipo. En la Europa League de aquel año el 30 de septiembre de 2010 ante el Levski Sofía de Bulgaria, el Sporting conseguiría una victoria en el José Alvalade, por 5 a 0, Fernández asistió a Carrizo en el primer gol del partido y cerró la goleada su equipo.