Se barajó la posibilidad de jugar la final sin público durante el verano de 2020, una vez finalizada la Liga, pero los dos clubes, junto con la Federación Española de Fútbol acordaron posponer sine die la celebración de la final hasta que la evolución de la pandemia permitiera la disputa de la final con público. En 1972 se denunció el caso de los falsos oriundos que destapó el fraude documental de jugadores sudamericanos que no tenían ascendencia española. Ortega también explicó que Hernández había sufrido de «migrañas agudas» y dolores de cabeza cuando era adolescente. Hernández volvió a anotar en el siguiente juego en casa del Newcastle United, cuando un disparo de Wayne Rooney fue bloqueado por un defensa y rebotando contra su cuerpo haciendo así su sexto gol. El 16 de agosto de 2010, Hernández hizo su debut en la Premier League, reemplazando a Wayne Rooney en el minuto 63, en la victoria en casa de 3-0 sobre el Newcastle United en el partido inaugural de la nueva temporada. El 1 de enero de 2011; Hernández salió de la banca en The Hawthorns anotando el gol del triunfo en la victoria del Manchester United, 1-2 sobre el West Bromwich Albion.
El 26 de diciembre anota el gol que le dio los tres puntos al Manchester United sobre el Newcastle United en el minuto final del partido. El sábado 24 de noviembre de 2012 entró de cambio al minuto 58 y 13 minutos más tarde se encargó de cerrar el marcador 3-1 en Old Trafford, que le dio los tres puntos al Manchester United sobre el Queens Park Rangers. El 26 de octubre marcó de nueva cuenta al minuto 89 ante el Wolverhampton Wanderers en un partido de la Copa de la Liga para darle el triunfo al Manchester por marcador de 3-2, camiseta barcelona siendo este su primer gol en Copa de la Liga en los cuartos de final. En el primer partido celebrado en el Estadio Omnilife marcó un gol a favor de las Chivas al minuto 8′, siendo este el primer gol del partido y de la historia del estadio, en donde el marcador quedó 3-2 a favor del Guadalajara.
Javier jugó 45 minutos con el Guadalajara y otros 20 minutos con el Manchester United. Hernández coronó su temporada de debut con el Manchester United al ganar el premio Jugador del año Sir Matt Busby el 18 de mayo, que fue votado por los fanes. Cuatro días después el 29 de enero, Hernández anotó su primer gol de la FA Cup para el Manchester United, cuando anotó el gol ganador en una victoria 1-2 sobre el Southampton. Fue un preludio de la primera victoria de los inventores del fútbol en la máxima competición de clubes a nivel europeo, ya que al año siguiente el vencedor fue el Manchester United Football Club inglés tras vencer en la final celebrada en el Wembley Stadium al bicampeón S. L. Benfica por 4-1 en la prórroga de un partido en el que los portugueses alcanzaban su quinta final en trece años. Ya acostumbrado a quedar en la primera etapa, vuelve a clasificar para la Copa Mundial de fútbol de 2006 solo para terminar último en el grupo al empatar frente a Túnez, perder abultadamente frente a Ucrania por 4-0 y terminar perdiendo con España por la mínima.
El 15 de septiembre, día en que se celebra la independencia de México, regresó a la titularidad con el equipo de Mánchester United en la jornada cuatro de la Liga Premier y lo hizo con un gol y asistencia en el estadio de Old Trafford, en la victoria 4-0 sobre Wigan Athletic. Este día fue nombrado jugador del mes de octubre del Manchester United, luego de que los aficionados le dieran 60 por ciento de los votos. El miércoles 31 de octubre de 2012, marcó el segundo gol del Manchester en los octavos de final de la Copa de la Liga (Capital One Cup), partido que perdieron ante el Chelsea por marcador de 5-4, quedando, con este resultado; eliminados de dicha copa. El miércoles 7 de noviembre de 2012, anotó el tercer gol en la victoria 1-3 de visita ante el SC Braga de Portugal, logrando el pase a los octavos de final de la Champions League.