Se iniciaba por lo tanto una nueva e importante etapa en la máxima categoría, en la que el club batió el récord de permanencia en la misma, con siete temporadas consecutivas en la máxima categoría del fútbol nacional. Es entonces cuando llegarían al club jugadores como Sandro, Movilla o Pablo Guede, equipacion real madrid y se produce al regreso de exjugadores como Quino o Merino. La directiva del club aprovechando el buen momento de la cantera malaguista y al mismo tiempo pretendiendo disminuir la masa salarial, prescinde de varios titulares de los últimos años como Contreras, Roteta, Musampa, Sandro, Dely Valdés y Darío Silva entre otros, siendo sustituidos por jugadores de la cantera como Calatayud, Juanito, Juan Rodríguez, Koke y Geijo que llevaron a cabo el necesario relevo generacional. La temporada fue convulsa, incluyendo destituciones de entrenadores y rebelión de futbolistas contra el club. La EFAA (Asociación Europea de Agentes de Futbolistas) y la ECA (Asociación de Clubes Europeos) nominaron al Málaga Club de Fútbol, junto al Chelsea FC, el FC Bayern de Múnich, la Juventus FC y el FC Basel como candidato a Mejor Club del año 2013 en los Globe Soccer Awards que se entregan anualmente en Dubái. El club comunicó en las horas posteriores que recurriría dicha sanción ante el Tribunal de Arbitraje Deportivo Internacional (TAS).
En la temporada 2012/13 de LaLiga el Málaga había obtenido el pase para disputar la Liga Europa de la UEFA al clasificarse sexto en el Campeonato Nacional de Liga, pero el 11 de junio de 2013, el Tribunal de Arbitraje Deportivo Internacional rechazó la apelación del club de Martirícos, confirmando la sanción impuesta por la UEFA, una decisión que suponía un laudo sin precedentes en el ámbito jurídico-deportivo del mundo del fútbol, por lo que el Málaga no podría disputar la competición europea a la que legítimamente se había clasificado. En la temporada 1958-59 de Segunda División el Club Deportivo Málaga descendió a Tercera División, donde competía el Club Atlético Malagueño, y debido a la prohibición a los equipos filiales de jugar en la misma categoría que el primer equipo, el CA Malagueño se desvinculó del Club Deportivo Málaga para evitar así su descenso administrativo y poder competir ambos clubes en la Tercera División. El equipo malagueño certificó su regreso a Segunda División el 28 de junio de 1998, después de vencer al Terrasa en la última jornada por cuatro goles a uno con un triplete del delantero argentino Pablo Guede.
El equipo malagueño lograría una memorable victoria; a los cuarenta y dos minutos Isco, con un imparable disparo desde fuera del área, marcaría el 1-0 y en el minuto setenta y seis llegaría el gol del paraguayo Roque Santa Cruz que significó el pase de ronda, provocando el estallido de júbilo en la grada. El descenso se confirmó matemáticamente el 19 de abril de 2018, a falta de cinco jornadas, tras caer en el minuto 90 por un gol a cero en el Estadio Ciudad de Valencia ante el Levante U. D.. En la ida en El Arcángel ante el Almería, el 3-1 con los goles de Cruz Carrascosa, Manolín Cuesta y Escalante, se vieron contrarrestados en una vuelta en la que el rival llegó a ponerse 3-0 en su feudo. Con una plantilla confeccionada sobre la base de jugadores canteranos del Club Atlético Malagueño, el equipo tiene un pésimo arranque liguero con dos partidos perdidos fuera de casa y una humillante derrota en La Rosaleda ante la Unió Esportiva Figueres por cero goles a cinco. Después de una temporada 2017-18 caracterizada por el colapso deportivo e institucional, el club desciende a Segunda División tras diez temporadas en la máxima categoría.
Almería a segunda división en la última jornada frente al Valencia C.F.. Los reiterados impagos en las nóminas propician el encierro de los jugadores en los vestuarios de La Rosaleda y una sentada de protesta previa al partido frente a la S.D. 5.º Velamir Rajić 1.704 15 Atlético de Madrid, S.D. Dicha clasificación convirtió al Málaga en el séptimo equipo español, tras Real Madrid, FC Barcelona, Valencia CF, Deportivo de la Coruña, Villarreal CF y Atlético de Madrid, en alcanzar la fase de cuartos de final de Liga de Campeones de la UEFA. El 18 de septiembre de 2012 el Málaga disputó su primer partido en la Liga de Campeones, venciendo por tres goles a cero al que era en ese momento campeón de la Liga Premier de Rusia, el Zenit de San Petersburgo. A diferencia de la música anterior, que era toda original, esta nueva serie de canciones contiene también covers de canciones populares para niños como: las Ruedas del Autobús, Johny Johny Sí Papa, la Vaca Lola, Humpty Dumpty, etc. José Luis Monreal sustituye a Ben Barek, pero no logra mejorar el rendimiento del equipo y es igualmente cesado tras quince partidos disputados. En 2007, el Málaga presentó un Expediente de regulación de empleo para prescindir laboralmente de quince personas; entre ellos, tres jugadores, Marcelo Romero, ‘Chengue’ Morales y Manu.
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