La Copa Mundial de Fútbol Juvenil de 1995 fue la décima edición de la hoy denominada Copa Mundial de Fútbol Sub-20, campeonato mundial para futbolistas menores de 20 años de edad, organizado por la FIFA. Tarjeta roja utilizada para expulsar definitivamente a los futbolistas. Ya con «El Gallo» Jáuregui de regreso en el timón, se escribió la que se considera la «época de oro» albiazul, pues llegó a los primeros planos del fútbol mexicano y se convirtió en un equipo protagonista. En la 82-83, con el mexicano Vicente Pereda en el timón, el Monterrey terminó en el lugar 18 de la tabla general y se salvó de descender en la penúltima fecha. Durante el torneo verano 99 el club mantuvo una lucha intensa contra el Puebla por no caer al último lugar de la tabla de porcentajes. 25, siendo el equipo menos goleado, el que más ganó, el que menos juegos perdió, el «Abuelo» Cruz fue el campeón goleador del torneo con 14 tantos, además de que el «Wama» Contreras, marcó un gol de portería a portería en Puebla contra Ángeles y Reynaldo Güeldini marcó un gol olímpico contra Pumas, sin olvidar el espectacular gol de tijera, prácticamente sin ángulo, del «Abuelo» Cruz ante Toluca.
En la jornada diecisiete Monterrey se enfrentó al Puebla en un encuentro que resolvería que equipo iría a la categoría inferior. El 9 de mayo de 1999 es recordado por los aficionados a la Pandilla como un día angustiante, pues se estuvo muy cerca de perder la categoría. El gran responsable de esa transformación fue Alberto Santos de Hoyos, quien como presidente forjó la historia grande del equipo, además de idear y construir El Cerrito, las instalaciones deportivas y casa-club, que fue inaugurado el 30 de mayo de 1975 y que en su momento fue comparado a los complejos deportivos que tienen los grandes clubes del mundo. Ante estos buenos desempeños, fue sondeado por River a comienzos del 2012 y en mayo de ese mismo año Daniel Passarella ofreció 200 mil dólares por el 90% del pase. En el año 1991, la directiva cordobesista acordó con los responsables del Ayuntamiento el abandono del estadio para trasladarse a uno nuevo. A pesar de que en el Torneo Prode 85, el equipo finalizó en el lugar 18, nueva camiseta del barcelona la directiva mantuvo en el timón a Avilán para el siguiente torneo. Sin embargo, sus primeras temporadas en el máximo circuito después de su segundo ascenso fueron de constante peligro de descender, pues en la campañas 1960-61, y 1961-62 terminó peleando el último lugar hasta las últimas fechas del campeonato salvándose agónicamente.
En 1998 aprovechando su popularidad, que estaba al tope, compuso el tema oficial de la Copa Mundial de Fútbol de 1998 junto con Jean-Michel Jarre y cantado por OLIVIA , aparte de comenzar a trabajar con la banda estadounidense Backstreet Boys, que en ese momento era una de las bandas juveniles más populares. En abril la conductora Roxana Castellanos dejaba definitivamente por decisiones personales y nuevamente en julio Reynaldo Rossano dejaba por tercera vez el programa, esto debido a una sanción por no participar en la lucha entre los luchadores Los Perros del Mal y los conductores y un mes después Alessandra Rosaldo dejó por una semana el programa debido a su luna de miel con Eugenio Derbez, siendo en total diez conductores que se han ido en esa etapa, con cinco salidas definitivas y temporales. A pesar de esto Monterrey dejaba atrás todos los problemas que lo aquejaban en México e iba a Sudamérica a cumplir con el compromiso de competir en el torneo continental.
El 8 de septiembre de 1991 los Rayados ganarían la Copa México al ganar en casa por marcador de 4:2 a las Cobras de Ciudad Juárez en un Estadio Tecnológico lleno a su máxima capacidad. El partido de vuelta Rayados caía 1-0 frente al América pero 10 minutos antes de acabar el partido Humberto Suazo anotaría el 1-1 y el pase a las semifinales dejando a las águilas fuera del torneo. El partido fue peleado, al medio tiempo el marcador aún estaba en ceros, y en el espacio de descanso en el partido fueron regalados balones por parte de un patrocinador. Diversos problemas tales como la intervención por parte de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, adeudos con el sueldo de jugadores y con el pago de jugadores transferidos al equipo, un plantel limitado en calidad y cantidad, y el cambio de entrenador fueron causantes de que el equipo experimentara una crisis económica y futbolística. Cuando ya la afición rayada pedía a gritos un cambio de mando, Protexa decidió vender el equipo, el cual sería adquirido en 1989 por un grupo de empresarios regiomontanos, teniendo como figuras principales a los hermanos Jaime y Manuel Rivero Santos, quienes serían presidente y vicepresidente, respectivamente.