No obstante, tuvo que disputar un desempate con Danubio, con quien compartió el liderato del campeonato, tras la victoria del franjeado en la hora y de atrás a Peñarol como local. Luego de varios días en los tribunales de la AUF y de 94 días de muchas negociaciones, finalmente el partido se disputó en el Estadio Centenario, con victoria para Nacional. En el campeonato 2008-09 ocurrió la final más larga de un Campeonato Uruguayo desde que se implementó el sistema de Torneos Apertura y Clausura, disputada entre Nacional (ganador del Apertura) y Defensor Sporting (ganador del Clausura). Aunque Peñarol comenzó en ventaja, Danubio remontó y ganó por 4-1, finalizando el Apertura con 34 puntos. Luego de los incidentes en Jardines del Hipódromo frente a Danubio en el Torneo Apertura 2008 correspondiente a la temporada anterior (2008-2009), a Nacional se le descontaron 3 puntos para el Torneo Apertura de la temporada siguiente (2009-2010). Pero a pesar de esto Nacional sorprendió al volver al ganar este torneo, quedando primero con 36 puntos e incluso con una diferencia de 7 puntos respecto al segundo del torneo que fue Liverpool. Sin embargo, logró revertir la situación con goles de Álvaro Fernández y Santiago García, remontando el resultado y consagrándose campeón del Torneo Apertura.
Para el Torneo Clausura, casi la mitad de sus principales jugadores se fueron del club, y pese a no poder mostrar el mismo juego que en el Apertura, Danubio volvió a pelear el campeonato, estando en varias fechas como puntero y en la penúltima fecha asegurando la Tabla Anual. Luego de vencer a Peñarol en el clásico por 1-0, el torneo se suspendió a una fecha de finalizar el Apertura, por un masivo enfrentamiento entre hinchas de Nacional y Danubio, en el estadio de este último. Siempre hay una liga abierta por rango, que aún no tiene 30 participantes, donde la gente puede unirse. La solución implicaba modificar el número de ascensos y descensos a partir de la temporada 1996-97, en la que descendieron cuatro equipos, ascendieron tan solo dos, y el tercer clasificado de Segunda jugó contra el quinto peor de Primera la promoción; también se indemnizó económicamente al cuarto clasificado de Segunda por privarle de la posibilidad de disputar el ascenso. En dicho período, tuvo que pasar por constantes fracasos; en los torneos cortos solo ganó el Clausura 2008, en tanto que su tradicional rival ganó ya 3 Campeonatos Uruguayos, en 2005, 2005-06 y 2008-09, el Clausura 2006 y el Apertura 2008. En algunas ocasiones tuvo que sufrir algunas goleadas, cuando visitó a Liverpool en Belvedere por el Clausura 2004 (0-4), en el mismo campeonato frente a Danubio (1-5), las que también Danubio le propinó en el Apertura 2005 (2-7), y en el Apertura 2006 (1-4), River Plate en el Apertura 2007 (3-6) o en el clásico ante Nacional en el Apertura de esta misma temporada (3-0). Además del citado partido ante Nacional, Peñarol tuvo una racha muy adversa en clásicos, disputándose desde el 2003 hasta el 2010 un total de 27 clásicos, (oficiales y amistosos) con 6 victorias para el carbonero, 13 victorias para el albo y 8 empates.
Defensor Sporting se quedó con el Torneo Apertura cosechando 35 puntos, 4 puntos más que su clásico rival y campeón defensor del título, Danubio. En dicho partido, Peñarol se adelantó con gol de Arévalo Ríos, pero cerca del final Danubio empató con gol de Hamilton Ricard, jugador que minutos después fuese expulsado del partido, por lo que Danubio tuvo que jugar todo el alargue con un hombre de menos. Dicho número fue aumentando hasta los ochenta y cinco que participan en la última edición de 2014-15, de los cuales treinta y dos pasan a disputar su fase final. Defensor Sporting comenzó el torneo venciendo a Cerro de visitante por 1-0, y desde ese encuentro no perdió durante siete fechas, destacándose las victorias frente a los grandes: venció a Peñarol de visitante por 1-0 y a Nacional de local por 3-2 en las fechas cinco y seis respectivamente, en la octava fecha no la disputó debido a que no estaba Villa Española, hasta caer en la fecha nueve contra Cerro Largo por 2-3. En la fecha siguiente venció en el clásico a Danubio por 1-0 en el Franzini. Por este hecho Nacional fue castigado con cinco partidos con pérdida de localía.
Danubio, dirigido por Gustavo Matosas, repitió lo logrado por Nacional en 1998, al consagrase Campeón Uruguayo (a tan solo 3 años de obtener el título en 2004) en la temporada 2006-07, ganando los Torneos Apertura y Clausura en un mismo campeonato y obteniendo tres títulos en toda la temporada. En las finales, se debió disputar un total de 5 partidos para decidir al campeón uruguayo (vale aclarar que los tres primeros partidos eran de semifinales, entre los campeones de los Torneos Apertura y Clausura, y en caso de ganar el equipo que no obtuvo la Tabla Anual, debía jugar la final a dos partidos más, de ida y vuelta). En algunas ocasiones, también ha sido sede de los partidos amistosos de la selección. Es el mayor realizador de la historia en la selección neerlandesa sub-21, con 18 tantos en 22 encuentros. En esta ronda, la selección colombiana salió victoriosa por 2-0, siendo la primera vez en la historia en que el equipo clasificó a cuartos de final en un Mundial de fútbol. ↑ «Champions League: Cuál es el estadio de la Final de la Champions entre Liverpool y Real Madrid: sede y aforo».